Stony Brook Üniversitesi, çeşitli spor dallarında, farklı beceri düzeylerine hitap eden spor kulüplerine sahiptir. Bu kulüpler, spordaki beceri düzeylerine bakılmaksızın tüm öğrencilere açıktır. Stony Brook Üniversitesi'nde faaliyet gösteren spor kulüplerinden bazıları şu şekildedir;
- Beyzbol Kulübü
- Basketbol Kulübü
- Boks Kulübü
- Amigoluk Kulübü
- Kürek Kulübü
- Bisiklet Kulübü
- Dans Kulübü
- Atlı Spor Kulübü
- Eskrim Kulübü
- Golf Kulübü
- Buz Hokeyi Kulübü
- Lakros Kulübü
- Dövüş Sanatları Kulübü
- Paintball Kulübü
- Ragbi Kulübü
- Futbol Kulübü
- Softbol Kulübü
- Yüzme Kulübü
- Tenis Kulübü
- Frizbi Kulübü
- Voleybol Kulübü
- Güreş Kulübü