UCSD, öğrenciler için çeşitli kulüp sporları ve okul içi sporlar sunmaktadır. Kulüp sporları daha rekabetçi bir yapıya sahip olup, genellikle diğer üniversitelere karşı müsabakalara katılmayı gerektirirken, okul içi sporlar eğlence amaçlı olup, üniversite topluluğu içinde oynanmaktadır. UCSD tarafından sunulan kulüp sporları ve okul içi sporlardan bazıları şunlardır:
- Badminton
- Beyzbol
- Kriket
- Bisiklet
- Takım Dansları
- Binicilik
- Çim Hokeyi
- Buz Hokeyi
- Jimnastik
- Lakros (Kadınlar)
- Lakros (Erkekler)
- Ragbi
- Yelken
- Kayak ve Snowboard
- Futbol
- Sörf
- Yüzme
- Masa Tenisi
- Tenis
- Triatlon
- Frizbi
- Voleybol
- Su Topu